اين مسجد به شكل مربعی است كه طول هر ضلع آن نزديک ۲۵ متر است و ۹ ستون سنگی خوش تراش گنبد های بلند ضربي آن را نگه داشته اند. در زلزله ۱۱۹۳ ه.ق سقف اين مسجد فرو ريخت. در اين واقعه حاج ميرزا مهدي قاضی طباطبائی از جمله افرادی بود كه در زير خاک مانده بودند. پس از اين كه او جان سالم از زير خاک به در برد بقيه زندگی خود را وقف خدمت به مردم و كارهای عام المنفعه نمود. او مسجد مقبره را توسعه داد و به صورت كنونی در آورد. همچنين قسمتي از راسته بازار را احداث كرد. او حمام قاضی ، مسجد ميرزا مهدی، مدرسه ،حمام، سراو يخچال ميرزا مهدي و ده ها بنا ديگر را ايجاد و يا تجديد عمارت نمود. پس از وفات ميرزا مهدی قاضی طباطبائی در سال ۱۲۴۱ جسد او را در همان مسجد دفن كردند و آن جا را مقبره ناميدند. در كنار قبر مرحوم حاج ميرزا مهدی قاضی طباطبائی چند نفر ديگر از جمله آيت الله شهيد سيد محمد علی قاضی طباطبائی كه در سال ۱۳۶۲ به شهادت رسيد مدفون هستند.